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Il giovane Edoardo Brizio, formatosi a Torino alla scuola di Ariodante Fabbretti, poco più che ventenne fu ammesso alla Prima Scuola Archeologica Italiana, fondata da Giuseppe Fiorelli a Pompei, uscendone con solide basi sul modo di condurre gli scavi e sullo studio dell’arte e dell’archeologia classiche. Nel 1876 vinse la cattedra di Archeologia e Numismatica all’Università di Bologna, assumendo anche l'incarico di direttore del Museo dell'Università.
Edoardo Brizio portò nell’insegnamento universitario un nuovo modo di affrontare l’archeologia classica, basato sul contatto diretto con i monumenti. Gli scavi da lui seguiti vengono sempre accompagnati da studi e pubblicazioni che, nonostante la sua formazione classica, lo portano ad affrontare con sistematicità i temi chiave della protostoria locale, elaborando una propria visione del passato preromano della città di Bologna, rispecchiata nell’allestimento del Museo Civico. Già da alcuni anni infatti Università e Comune stavanp progettando di riunire le loro collezioni in un unico museo; sarà proprio Brizio ad avviare al compimento le trattative e diverrà il grande protagonista nella creazione del Museo Civico.
Nel 1878 egli viene nominato anche direttore della sezione archeologica del futuro Museo Civico, affiancato da Luigi Frati per quella medievale e con la supervisione di Giovanni Gozzadini, direttore generale.
Nella moderna visione di Brizio il museo, scientificamente ordinato e dotato dei giusti apparati espositivi, diviene strumento essenziale per la conservazione del patrimonio archeologico e per una vasta divulgazione delle conoscenze.
Il 25 settembre 1881 il museo viene finalmente inaugurato.