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Le raccolte del Museo Civico Archeologico si sono accresciute a partire da un primo nucleo formato dalle collezioni dell'Università di Bologna (collezioni Aldrovandi, Cospi, Marsili, Lambertini), successivamente arricchite dall'eccezionale raccolta del pittore bolognese Pelagio Palagi acquisita dalla città nel 1861.
Di lì a poco iniziò la fortunata stagione degli scavi urbani, inaugurata nel 1869 con la scoperta delle tombe etrusche presso la Certosa, a cui seguirono anni di importanti rinvenimenti nella città e nel territorio circostante. Il Museo divenne il luogo deputato a raccogliere i materiali rinvenuti nel corso degli scavi che furono esposti in alcune sale attigue all'Archiginnasio, in occasione del V Congresso Internazionale di Antropologia e Archeologia Preistorica del 1871.
Nel 1881 il Museo venne inaugurato nella sua sede di Palazzo Galvani, appena ampliato e rimodernato, con l'esposizione dei materiali delle collezioni e di quelli di più recente scoperta.
Attualmente le collezioni del Museo vantano circa 200.000 opere, suddivise in sezioni che in parte mantengono ancora i criteri espositivi e l'ordinamento originali.
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