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Nato a Bologna da famiglia di antica nobiltà ha una formazione, che spazia dalla giurisprudenza, alla logica, alla filosofia, alla matematica, alla medicina.
Dal suo maestro Luca Ghini, medico e botanico, Aldrovandi apprende la “lezione dei sensi”, cioè il metodo pratico di investigare il mondo, che caratterizzerà tutta la sua attività di scienziato. E’ lui che nel 1568 realizza a Bologna un orto botanico pubblico per la didattica e la ricerca, mentre la sua dimora ospita un vero e proprio Museo, formato da una vastissima collezione naturalistica: uno strumento scientifico per osservare e classificare il mondo. La collezione riunisce sia i naturalia, campioni prelevati dai diversi mondi della natura, sia gli artificialia, manufatti che permettono di comprendere come le diverse materie prime e risorse siano state utilizzate dall’uomo durante i secoli. Proprio per questo la collezione si apre a ricevere oggetti dell’antichità.
Aldrovandi, alla sua morte, la lascerà in eredità al Senato bolognese con l’annessa biblioteca, con l’obbligo di destinarla a pubblica fruizione.
La raccolta, allestita in cinque stanze del Palazzo pubblico, rappresenta uno dei più antichi musei pubblici del mondo.
Purtroppo gli oggetti antichi presenti nella collezione Aldrovandi non sono in gran parte più riconoscibili all’interno dei diversi ambiti museali in cui la raccolta è confluita. Si trattava di monete, statuette, strumentario in bronzo, vasi, lucerne, gemme, marmi scolpiti, strumenti in pietra. Solo alcuni oggetti più caratteristici, riprodotti nel Musaeum Metallicum (catalogo della parte mineralogica della collezione edito dal curatore del museo nel 1648), possono essere riconosciuti all’interno del Museo Civico Archeologico di Bologna e si tratta in prevalenza di gemme.