La tragedia
Venerdì 27 giugno 1980 il DC9 Itavia durante il volo Bologna–Palermo precipita in mare causando la morte di ottantuno passeggeri.
In una apposita saletta del museo la tragedia è rievocata e documentata attraverso documentazioni audio–video in visione al pubblico attraverso alcune postazioni informatiche.
Il recupero dei resti e la formazione del museo
Mercoledì 27 giugno 2007, in occasione del ventisettesimo anniversario del disastro, il museo viene inaugurato e i resti dell'aereo - recuperati, trasportati e riassemblati negli ampi spazi degli ex magazzini ATC, ristrutturati per opera dall’architetto Gian Paolo Mazzucato - vengono proposti al pubblico nell'istallazione permanente dell'artista Christian Boltanski.
Il museo è stato realizzato dal Ministero per i Beni e le Attività Culturali, Ministero della Giustizia, Regione Emilia-Romagna, Provincia di Bologna, Comune di Bologna; per volontà dell'Associazione dei Parenti delle Vittime della Strage di Ustica e con il contributo di Fondazione Cassa di Risparmio di Bologna.